Río en los departamentos de Antioquía Y Chocó. Se forma de la confluencia de dos pequeñas quebradas al occidente de los farallones de Citará, a los 050 41' de latitud norte y '760 23'de longitud oeste; vierte sus aguas en el mar Caribe por 16 bocas diferentes, siendo la principal la denominada Tarena, a los 080 16'de latitud norte y 760 59'de longitud Oeste.

Tiene su curso 720 km aproximadamente, y su hoya hidrográfica una extensión aproximada de 35 km2 . Al descender de la cordillera Occidental el río va acrecentando su caudal y toma una dirección oeste que conserva hasta la población de Lloró, donde se enrumba hacia el norte. Después de recibir las aguas del río Bojayá, se abre en dos brazos llamados Murindó y Montaño, para formar la isla Grande del Atrato, aparente huella de un antiguo delta.
Unidos nuevamente los brazos, el río sigue cada vez más lento y caudaloso hasta la desembocadura en el golfo de Urabá por numerosos caños que en forma late ral se desprenden del principal, llamado Tareña, y que sirve de límite a los departamentos de Antioquia y Chocó.

En su sector medio, entre los 060 10'y060 55 de latitud norte, sirve igualmente de limite entre los departamentos mencionados y en el resto de su curso recorre tierras del departamento del Chocó. Las copiosas lluvias regionales hacen del Atrato un río intensamente caudaloso, no encontrándose en su largo recorrido saltos, rápidos o raudales que dificulten su navegación.

La profundidad en su parte baja varía en forma inversa a su corriente, presentando cerca de la desembocadura del río Sautatá la máxima profundidad de 39 m. De este punto hacia el sur, el fondo va disminuyendo en forma gradual hasta alcanzar en Riosucio 31 m; poco antes de llegar al extremo norte de la isla Grande del Atrato es de 12,50 m; en la boca del río Napipí 8,80 m; ya en la desembocadura del río Quito, cerca de la ciudad de Quibdó, apenas alcanza una profundidad de 4m. La anchura; 'del río desde Quibdó hasta su desembocadura varía entre 250 y 500 m y arroja al mar 4.900 m3 de agua por segundo.

A lo largo de su curso recibe el tributo de mas de 150 ríos y 300 quebradas; entre los principales se cuentan el Andágueda, Baté, Bojayá, Buchadó, Cabí, Cacarica, Capá, Domingodó, Napipí, Neguá, Munguidó, Murrí, Opogodó, Puné, Quito, Salaquí, Sucio, Tagachí y Truandó. En sus orillas se encuentran las poblaciones de Quibdó, Riosucio, Bojayá, Lloró y El Carmen. Su hoya hidrográfica está casi en su totalidad deshabitada e inculta. Solamente en las riberas de algunos afluentes y en la parte alta se encuentran pequeños cultivos, 4ue en forma esporádica y como medio de subsistencia atienden algunos colonos. En su parte alta es notable la explotación de oro, plata y platino.

El Atrato es tina intendencia fluvial que cubre un área aproximada de 47.000 km2 con sede en Quibdó. Su jurisdicción se extiende por la costa Pacífica hasta la desembocadura del río Guapi. Lo insalubre del terreno y los continuos desbordamientos del río contribuyen al abandono de esta región. El río es navegable en 560 km de su curso por embarcaciones hasta de 200 toneladas. Respecto a este río, se ha comentado sobre la posibilidad de construir un canal interoceánico que comunicaría el mar Caribe con el océano Pacifico a través del Atrato y de algunos ríos menores.
Se menciona también la posibilidad de unir los grandes río Atrato y San Juan por medio de grandes lagos que permitirían una doble finalidad, el paso de embarcaciones marítimas y la generación de energía para la electrificación de la región occidental del país. El Atrato fue descubierto por Vasco Nuñez de Balboa en el año de 1511, quien lo remontó por primera vez hasta la boca del río Sucio. Desde su descubrimiento ha tenido los siguientes nombres: San Juan, Darién, Chocó y Atrato.

No se conoce la etimología de su actual nombre. Se dice que unos navegantes ingleses le dieron el nombre de abstracto» o de «Abstruse» (abstruso) es decir, generalizado, difícil de aprehensión o de entender, quizás debido a su caprichoso delta. Otros dicen que la palabra Atrato significa «cerrado al trato», al tráfico, al comercio, interpretación ésta que también puede ser posible si se considera que el gobierno español lo cerró por muchos años a la navegación en las postrimerías del siglo XVI. Inicialmente sirvió de ruta al comercio de las provincias de Antioquia y Popayán con la de Cartagena y también con la de Quito. Su utilización durante la Colonia y la Independencia fue precaria y la navegación se hacía por canoa, bongo o champán. A fines del siglo XIV se inició la navegación a vapor y en el año de 1870 ancló en el puerto de Quibdó el vapor Albión», primer barco que visitó aquella región.